Pustka zawsze intryguje. Wszyscy chętnie zaglądają w różne dziury, w miejsca, o których wiedzą, że nic w nich nie ma. I tak dotknęliśmy problemu nieobecności. Może ona być określonym stanem pustki, która może być przypadkowa albo spowodowana przez nas, a także przez jakąś sytuację bądź wydarzenie. Ja posługuję się właśnie nieobecnością, jak komplementarnym negatywem
– wyjaśniał artysta w wywiadzie z Elżbietą Dzikowską.
Jan Berdyszak studiował rzeźbę w PWSSPh w Poznaniu w latach 1952-58, równolegle podejmując samodzielne próby malarskie i graficzne. Już od wczesnego okresu jego twórczość skupiała się na zagadnieniach przestrzeni. W cyklu „Koła podwójne“ (1962-64 i 1967-69) dokonał przełamania konwencji malarskiego prostokąta. Obrazy składały się z dwóch kół, zestawionych pionowo jedno nad drugim, pokrytych poruszonymi, kontrastowymi formami, które tworzyły przestrzeń wewnętrzną w ramach kompozycji.
Kolejnym etapem poszukiwań było wprowadzenie do obrazu przestrzeni rzeczywistej w postaci otworu wyciętego w płótnie. Od 1967 przestrzeń ingerująca w materię malowidła zyskała „uwolnienie” przez fakt podziału obrazu na oddzielne części, które eksponowane były w różnych zestawieniach (symetrycznie, antytetycznie, prostopadle do siebie w narożniku sali itp.). O ile dotąd eksperymentom malarsko-przestrzennym Berdyszaka towarzyszyła grafika (gipsoryty, drzeworyty, zwłaszcza cykl Kompozycje kół, to w tym momencie malarstwo spotkało się z rzeźbą. Z tego samego okresu pochodzą wieloczęściowe, rozkładane, przewidziane do dowolnego zestawiania formy z barwnej, emaliowanej blachy.
Od wczesnych lat zajmowałem się wieloma dziedzinami sztuk – malarstwem, rzeźbą, architekturą, poezją, muzyką, i dzięki temu właśnie zrozumiałem, że „zabudowujemy” naszą intencją tylko część świata, podczas gdy większa jego część, ta pusta, zabudowuje się sama.
Od końca lat 60. powierzchnie malarskie Berdyszaka stały się płaskie, formy ostro zdefiniowane. Artysta podejmował próby transponowania na język wizualny pojęć otwartości, nieskończoności, potencjalności itp., zakorzenionych w myśli filozoficznej Wschodu. Jednocześnie w cyklu Obszary koncentrujące (1973-80) proponował formy skłaniające widza do medytacji. Obiekty z szyb i pleksiglasu pod nazwą Przezroczyste (1970-78) były kontynuowany w instalacjach z lat 80. i 90.
W latach 1982-1984 Berdyszak tworzył również cykl Fragment jako całość radykalna, z którego pochodzi praca Fragment jako całość radykalna XXIII. Była to seria około czterdziestu konstrukcji plastycznych, eksperymentalnych form, przekraczających granice między rzeźbą a obrazem. Każdy z fragmentów podejmował interakcję ze ścianą na której wisiał, stanowił zabawę z przestrzenią, był jej reinterpretacją. Poprzez serię artysta rozwijał koncepcje poznania za pomocą sztuki oraz badał relacje między całością i częścią.
Od 1990 artysta tworzył cykl Passe-partout, realizowany w formie obiektów, instalacji, grafik i innych. Są to obiekty powtarzające formę oprawy ryciny, lecz z pustym otworem eksponującym otoczenie.
Twórczość Berdyszaka obejmuje także akcje efemeryczne, wielkie ilości szkiców rysunkowych oraz tekstów pisanych i wypowiadanych z okazji różnych spotkań, prelekcji, prezentacji itp. Od 1965 wykładał on w macierzystej uczelni (od 1996 ASP). Od początku równolegle z twórczością głównego nurtu uprawiał scenografię teatralną (współpracował m. in. z teatrem Marcinek w Poznaniu).